Metodologija istraživanja korištena za izradu pregleda stanja ljudskih prava u Hrvatskoj temelji se na Univerzalnom indeksu ljudskih prava Ujedinjenih naroda. Indeks obuhvaća sve relevantne norme i standarde globalnog sustava zaštite ljudskih prava i prikladan je za istraživanja u nacionalnom kontekstu.
Nalazi su formulirani na temelju istraživanja koje je provedeno u dvije faze. Prva faza obuhvaća prikupljanje informacija iz sekundarnih izvora: medijski izvori, praćenje službenih objava, statistika, izvještaja državnih tijela i pravobraniteljstava, pregled izvještaja i objava civilnog društva te analizu relevantne legislative.
Druga faza sastojala se od konzultacija s organizacijama civilnog društva i akademskom zajednicom temeljem sistematiziranih saznanja prikupljenih u prvoj fazi. U izradi izvještaja Kuća ljudskih prava Zagreb vodi se načelom participativnosti: u istraživanju su zastupljene organizacije civilnog društva i članovi akademske zajednice koji su u svome radu posvećeni stvaranju tolerantnog, pravednog, inkluzivnog i otvorenog društva, što su ujedno vrijednosti koje dijeli i zastupa Kuća ljudskih prava Zagreb te suradnju s tim organizacijama i pojedincima smatramo vrijednim resursom u svom radu. Izrazi korišteni u ovom izvještaju, bili iskazani u muškom ili ženskom rodu, jednako se odnose na sve osobe, izuzev dijelova izvještaja koji tematiziraju ljudska prava žena.